嘉南藥理科技大學人工濕地系統是接受教育部92年度「永續校園計畫」的補助，基於綠色、生態、環保、健康、節能減碳、物質循環及資源回收的永續發展理念，完成了兼具校園污水淨化及再利用、學術研究、教學、及增進校園生態多樣性與景觀的人工濕地系統之規劃設計。此設計成果獲得嘉南藥理科技大學王昭雄校長的鼎力支持而投入經費建造，並獲得內政部營建署「獎勵民間綠建築改善示範計畫」的部份經費補助，於民國94年11月完成人工濕地系統的建造，完工後便開始操作至今(97年11月底)。嘉南藥理科技大學投入的初期建造費用約500萬元。
